På Stora och Lilla Karlsö är naturen unik och oexploaterad. Här häckar tusentals Sillgrisslor och Tordmular på klippbranterna. På ön finns grottor och många ovanliga växter som karlsösallat, hjärtstilla och hylsnejlika. Gutefår betar på ön, vars historia började redan för cirka 400 miljoner år sedan då karlsöarna bildades.
